En 1823 se declaró en contra del gobierno de Bernardo O’Higgins, y tras dirigir un movimiento insurreccional desde las provincias, O’Higgins se vio obligado a abdicar el poder en una junta de tres personas de la ciudad de Santiago. La Asamblea Constituyente le nombró Director y Jefe Supremo suplente del Estado, asumiendo el mando de forma interina 4 de abril de 1823 y en propiedad el 21 de agosto. El 12 de agosto de 1823 se formó un Congreso Constituyente, que confirmó al general Freire en el poder. El 27 de diciembre de 1823 se dictó una nueva constitución, que tenía por autor principal a Juan Egaña. Fue Presidente 7 veces.